El jaguar, es una de las 70 especies amenazas, en peligro de extinción o sin ser vistas en los ecosistemas del sur por diversas amenazas que sus poblaciones enfrentan. Este animal está incluido en la NOM-059 de la Secretaría de Media Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat), ya que las principales amenazas a su extinción son la pérdida del hábitat y la cacería ilegal. Esta especie habita en el corredor de vegetación natural ubicado entre las Reservas de la Biosfera de Calakmul y de Sian Ka’an, en los estados de Campeche y Quintana Roo.
El jaguar es un indicador del buen estado de conservación de los ecosistemas, de ahí que proteger a esta especie implica la protección de miles de especies más que conforman su hábitat. En la actualidad se calcula que existen 4 mil jaguares en todo el país; las principales causas de su extinción son la pérdida de hábitat y la cacería ilegal, por lo que su caza está prohibida desde 1987.
Por otra parte, el tapir centroamericano es otra de las especies que se encuentra considerada en peligro de extinción en el país, bajo la misma normal de la Semarnat. Es una de las cuatro especies de tapires que se encuentran en el mundo y la única que se distribuye en México. Se trata de un mamífero que habitaba en los estados de Veracruz, Guerrero, Oaxaca, Tabasco, Chiapas, Campeche y Quintana Roo, pero que en los años recientes ya no se han reportado avistamientos de este animal en el hábitat natural.
Al menos al sur del país se contabilizan a varias especies en México que no se avistan, como el zopilote rey que por ahora se estima que estén extintos en los ecosistemas naturales de Tabasco, donde habitaba. Tanto las aves como varias especies de reptiles enfrentan el cambio climático provocado por las actividades de los humanos, ya que en temporadas de sequías, su reproducción afecta a sus huevos y provoca un desequilibrio.
Otras especies que habitan en el sur y que se encuentran en consideradas amenazadas o en peligro de extinción son la guacamaya roja, el loro de cabeza amarilla, la tortuga blanca, la mojina, el pochitoque, el ave caracara, los ocelotes, tigrillos, el mono araña, entre otras.
